Der Name Neuenbeken kam erst seit etwa 1400 in Gebrauch zur Unterscheidung vom Nachbarort Altenbeken. Zuvor wurde die gesamte Region lediglich als »Beken« bezeichnet. Die Ersterwähnung des Ortes, in der Form »Bechina« findet sich in einer wohl spätestens auf das Jahr 855 zu datierenden Eintragung in den »Corveyer Traditionen«, Aufzeichnungen über Güterschenkungen an das Kloster Corvey. Erwähnt wird Neuenbeken auch 1036 in der Gründungsurkunde des Paderborner Busdorfstiftes. Zu der Zeit befand sich in »Bekinun« ein bischöflicher Haupthof, zu dem vier Vorwerke gehörten. Der Haupthof wurde zur Keimzelle des Ortes. Bis ins 14. Jahrhundert war Neuenbeken Sitz eines Gogerichtes und damit wichtiger Standort der Rechtssprechung. Eine Kirche gab es wohl schon zu Zeiten Bischof Meinwerks (1009-1036) auf dem Haupthof Neuenbeken. Die heutige Kirche St. Marien, unter der Reste eines Vorgängerbaus erhalten sind, stammt aus dem 13. Jahrhundert. Ihr Sprengel umfasste ursprünglich auch die Nachbarorte Altenbeken, Benhausen und Marienloh.

Neben der Landwirtschaft und dem dörflichen Handwerk spielte in Neuenbeken auch die Forstwirtschaft eine gewisse Rolle. Der große Gemeindeforst in der Egge bot Arbeitsmöglichkeiten für Tagelöhner. Völlig aus dem Rahmen der dörflichen Strukturen fiel die Glashütte bzw. -fabrik Uhden, die von 1830 bis 1905 im Ort produzierte und bis zu 60 Arbeitskräfte beschäftigte. Nachdem Neuenbeken 1881 eine eigene Eisenbahnstation erhalten hatte, wurde auch die Eisenbahn mit ihren zahlreichen Dienststellen in Paderborn für die Dorfbewohner zum wichtigen Arbeitgeber.

Wie 1776 schon einmal wurde Neuenbeken 1900 von einer verheerenden Brandkatastrophe betroffen, zahlreiche Häuser wurden zerstört, 155 von 690 Einwohnern waren obdachlos. Eine im dörflichen Umfeld nicht unbedingt zu erwartende Einrichtung ist das seit 1914 in Neuenbeken ansässige und aus dem sozialen Gefüge des Ortes nicht wegzudenkende Missionshaus der Schwestern vom Kostbaren Blut. Neben ihrer Hautaufgabe, der Ausbildung des Ordensnachwuchses für den Missionseinsatz, engagieren sich die Ordensschwestern in vielfältigster Weise karitativ für Neuenbeken und seine Bewohner.

Durch den Zuzug von Flüchtlingen und Vertriebenen im Zweiten Weltkrieg und danach stieg die Einwohnerzahl von 1.000 auf 1.350 an. Neue Siedlungsgebiete entstanden und die überkommenen Wirtschaftsstrukturen wandelten sich. Doch verlief die Entwicklung, wohl aufgrund der etwas größeren Entfernung nach Paderborn, ruhiger als in anderen Orten.

Seit dem 1. Januar 1975 ist die bis dahin selbstständige und dem Amt Altenbeken angehörende Gemeinde Neuenbeken ein Ortsteil der neuen Großstadt Paderborn. Heute hat Neuenbeken weit über 2.000 Einwohner.

Dokumente, Bilder und Literatur zur Geschichte von Neuenbeken finden Sie im Stadtarchiv Paderborn.