Die Einwohner des 1271 erstmals urkundlich erwähnten Dorfes lebten über Jahrhunderte überwiegend von der Landwirtschaft. Grundherr des Ortes waren das Domkapitel, später die Familien von Stapel und von Westphalen, das Busdorfstift und das Gaukirchkloster. Kirchlich gehörte Benhausen über Jahrhunderte zur Pfarrei Neuenbeken. Erst 1837 errichteten die Benhausener ein eigenes Gotteshaus, die Alexiuskapelle, die Vorgängerin der 1932 erbauten Alexius-Kirche. Seit 1928 ist Benhausen als Pfarrvikarie mit eigener Vermögensverwaltung eine Filiale der katholischen Kirchengemeinde Neuenbeken.

Während und nach dem Zweiten Weltkrieg kamen auch in das Paderborner Land zahlreiche Evakuierte, Flüchtlinge und Vertriebene. Die Einwohnerzahl Benhausens, die Ende des 19 Jahrhunderts noch bei nur gut 600 gelegen hatte, überschritt nun die 1000er-Marke. Seit den 1960er Jahren machte sich zunehmend die Bevölkerungsentwicklung der stark expandierenden Stadt Paderborn bemerkbar. Die Bautätigkeit nahm zu, Benhausen entwickelte sich allmählich zu einem Wohndorf, dessen Einwohner zumeist in Paderborn arbeiten.

Am 1. Januar 1975 wurde die bis dahin selbstständige und dem Amt Altenbeken angehörende Gemeinde im Rahmen der kommunalen Neugliederung ein Ortsteil der neuen Großstadt Paderborn. Heute hat Benhausen über 2.000 Einwohner.

Dokumente, Bilder und Literatur zur Geschichte von Benhausen finden Sie im Stadtarchiv Paderborn