Die freiwilligen Arbeitsgemeinschaften, die in der Regel im dritten und vierten Schuljahr angeboten werden bieten den Kindern vielfältige Möglichkeiten.

Die Arbeitsgemeinschaften Schach und Schulchor stehen auch Zweitklässlern offen. Die verbindliche Anmeldung erfolgt zu Beginn des Schuljahres bzw. Schulhalbjahres. 
Wir versuchen, den Schülerinnen und Schülern über die regulären Unterrichtsfächer hinaus ein Angebot zu machen, das den Neigungen und Interessen der verschiedenen Altersstufen entspricht. Die Angebote sind jedes Jahr unterschiedlich und werden teils auch mit außerschulischen Partnern durchgeführt.

Die Arbeitsgemeinschaften bieten den Schülerinnen und Schülern darüber hinaus die Möglichkeit, mit Kindern aus den Parallelklassen neue Kontakte zu knüpfen und gewöhnen sie so langsam an die Situation der weiterführenden Schulen, wo sie andere soziale Bindungen aufbauen müssen.

Im Schuljahr 2023/24 bietet die Comeniusschule folgende AGs an:

• Basketball AG (Herr Wahls)
• "Benimm-ist-in" AG (Frau Thater)
• Chor AG (Frau Bieberneit)
• Kunst AG (Frau Tüllmann)
• Programmier AG (Frau Michels/Frau Eßfeld)
• Volleyball AG (extern)

Diese AGs finden montags in der 6. Stunde statt. Zusätzlich findet freitags in der 5. und 6. Stunde die Schach AG statt.

In diesem Schuljahr bieten wir außerdem die AG "Bewegungskompass" freitags in der 6. Stunde an.