Das Stadtgebiet befindet sich im Übergang von Mittelgebirgsraum zum norddeutschen Tiefland. Es hat Anteil an Egge, Paderborner Hochfläche, Lippeniederung und Senne - Naturräume, die sich in Bezug auf Gesteine, Böden und Geländegestalt stark unterscheiden.

Auf der Paderborner Hochfläche im Süden und Osten befinden sich nur wenige Gewässer. Dort sind Karstbäche wie Ellerbach, Springbach und Beke zu finden. Sie fallen häufig trocken. Dann zeigen sich Fels und Kalksteinschotter auf der Bachsohle. Selbst bei der Alme ist dieses Phänomen in niederschlagsarmen Sommern zu beobachten. 

Die übrigen Gewässer, die sich überwiegend im Nordwesten des Stadtgebietes, d.h. in der Senne und der Lippeniederung befinden, werden den sand- und kiesgeprägten (Niederungs-)Gewässern zugeordnet. Sie fließen überwiegend ganzjährig.

Die Naturraumgrenze wird durch Rothebach- und Paderquellen markiert. Sie zählen zur "Westfälischen Quellenlinie", auf der sich auch die Lippe- und Hederquellen befinden.

Möchten Sie mehr über die Besonderheiten der Paderborner Natur erfahren, folgen Sie gerne nachfolgendem Link, um auf den Internetauftritt "Paderborner Natur" zu gelangen. Dort werden einerseits unsere Paderborner Natur und Projekte vorgestellt und andererseits auch Informationen für die eigene Natur vor der Haustür veröffentlicht.