Pader, Lippe und Alme sind die größten Fließgewässer in Paderborn. Sie prägen die Stadt in besonderer Weise. Der ganze Verlauf der Pader liegt vollständig innerhalb der Stadtgrenze. Lippe und Alme durchziehen das Stadtgebiet nur auf Teilstrecken.

Darüber hinaus gibt es in der Stadt aber noch rund 120 (!) kleinere und mittlere Bäche, nur etwa ein Drittel von ihnen trägt einen Namen. Sie machen mit rund 200 km das Gros der Fließgewässer in der Stadt aus (86 Prozent).

Auch hier gibt es deutliche Unterschiede: Während der Rothebach noch mehrere Nebengewässer aufweist und sein Gesamtsystem eine Länge von über 23 Kilomentern erreicht, sind viele sehr kleine Bäche nur wenige hundert Meter lang.

Die Verteilung der Bäche und Flüsse über das Stadtgebiet ist sehr ungleichmäßig. Im Südosten gibt es nur vereinzelt Gewässer (die darüber hinaus noch lange Zeit im Jahr überhaupt kein Wasser aufweisen!). Den Nordwesten durchzieht dagegen ein dichtes Netz von Bächen. Das hat seine Ursache in der sehr unterschiedlichen naturräumlichen Ausstattung (siehe dazu die Kategorie "Ökologie und Grundlagen").