Der Scharmeder Bach, zwischen Scharmede und Elsen verläuft zunächst geradlinig mit begleitenden Gehölzbeständen in einer Ackerlandschaft. Nach mehreren Hundert Metern windet er sich entlang der Ortslage Elsen-Bahnhof zunächst weiter in Grünlandbereichen und anschließend innerhalb des Naturschutzgebietes "Buchenwald bei Elsen Bahnhof".

Der Buchenwald weist vor dem Laubaustrieb viele Arten auf, die als Frühjahrsblüher oder Geophyten bekannt sind, so zum Beispiel der Hohle Lerchensporn, Bärlauch oder Buschwindröschen. Teilweise ist der Buchenwald mit alten Eichen durchsetzt.

Nach gut einem Kilometer Fließstrecke mündet der Scharmeder Bach in die Jothe.