Die Kleine Pader verläuft auf einer Länge von 1,8 km zwischen Padersee und Lippe. 200 Jahre alte Karten zeigen, dass sie oberhalb des heutigen Padersees von der Pader abzweigte und als stark mäandrierendes Gewässer durch eine feuchte Niederung der damals ebenfalls in weiten Bögen verlaufenden Lippe zufloss. Eine Abflussaufteilung von einem Hauptgewässer ist sehr ungewöhnlich.

Möglicherweise spielte die besondere Geländesituation eine Rolle, denn Pader und Kleine Pader sind durch einen Geländerücken in einer sonst flachen Ebene getrennt. Eventuell hat der Mensch aber auch die Verbindung dauerhaft aufrechterhalten.

Heute gibt es keine dauerhafte Verbindung mit der Pader mehr und die Kleine Pader verläuft geradlinig ausgebaut durch das Naherholungsgebiet "Fischteiche". Im Bereich der Benteler Werke  in Schloß Neuhaus ist sie auf den letzten mehreren hundert Metern vor der Mündung verrohrt.