Wie schon der Name dieses Gewässers zeigt, verläuft der Kanal durch die Boker Heide, ein ehemaliges Heidegebiet und Ausläufer der Senne bei Boke. Die Boker Heide stellte in der Vergangenheit aufgrund der kargen und trockenen Sandböden eine der ärmsten Regionen in Westfalen dar. Deshalb entwickelte die „Sozietät zur Meloration der Boker Heide“, heute „Wasser- und Bodenverband Boker Heide“ im 19. Jahrundert ein ausgeklügeltes Be- und Entwässerungssystem dieser nährstoffarmen Heideflächen.

Mit Eröffnung des Boker Kanals 1853 und Berieselung der Felder über Rieselgräben sollte sich die Nährstoff- und Wasserverfügbarkeit auf den Flächen verbessern. Noch im gleichen Jahr begann sich das Landschaftsbild durch Anlage von Wiesen und Weiden zu verändern, doch der Erfolg blieb vor allem im unteren Abschnitt des Boker Kanals aufgrund von falschen Berechnungen der Wassermengen aus. In einigen Bereichen kam es zu schnellen Versickerungen, in anderen Bereichen zu Versumpfungen. 

Erst 12 Jahre nach Eröffnung des Kanals wurden mit der Genehmigung der uneingeschränkten Wasserentnahme aus der Lippe gelöst, doch nunmehr führte die Lippe zu wenig Wasser, um die mittelalterlichen Mühlen in Lippstadt ausreichend zu versorgen. 

In den 70er Jahren des letzten Jahrhunderts wurde die Berieselung eingestellt. Der Kanal dient heute der Regelung des Grundwasserstands in einer intensiv durch Ackerbau geprägten Landschaft.