Naturkundliche Kenntnisse über die Region werden vom Verein gesammelt und an die Mitglieder und die Öffentlichkeit weiter gegeben. Dazu dienen vor allem die Exkursionen und Vorträge zu denen auch Nichtmitglieder jederzeit willkommen sind.

Zur Zeit werden pro Jahr etwa sechs bis sieben naturkundliche Abendvorträge organisiert, die sich teils auch mit Gebieten außerhalb der heimischen Region befassen.
Die etwa sechs bis sieben Halbtagsexkursionen führen in verschiedenste Landschaftsräume und Lebensräume (Biotope) des näheren und weiteren Umlandes von Paderborn.
Seit 2012 werden auch drei bis fünf Exkursionen bzw. Veranstaltungen speziell für Kinder angeboten.

Zwischen dem Naturkundemuseum und dem Naturwissenschaftlichen Verein Paderborn bestehen enge Verbindungen. Der Verein unterstützt das Naturkundemuseum finanziell und inhaltlich. Ein großer Teil der Exponate im Museum sind Dauerleihgaben des Vereins. Die Vereinsmitglieder haben im Naturkundemuseum im Marstall freien Eintritt.

Seit 2001 wird jeweils zum Jahresende vom Verein und dem Naturkundemuseum ein gemeinsames Mitteilungsheft herausgebracht, das überwiegend Artikel zu naturkundlichen Themen aus dem näheren und weiteren Umland beinhaltet. Sie können die "Mitteilungen" hier herunterladen.

Der Mitgliedsbeitrag beträgt lediglich 20,- € im Jahr (Mindestbeitrag).